CentralAsia (CA) - Откуда взялся вирус COVID-19? Когда он появился? Как он дошел до нас? Секреты нового коронавируса кроются в его геноме. Его еще следует определить. Чтобы сделать это, ученые сравнивают генетические последовательности вирусов, взятых у пациентов с коронавирусом, в поисках крошечных изменений, которые позволят им восстановить генеалогическое древо вируса, используя мощные компьютерные инструменты, пишет швейцарская газета Le Temps. Статья переведена ИноПрессой.
Такая область исследований, филогенетика, является специальностью швейцарского исследователя Франсуа Баллу. Директор Института генетики в Университетском колледже Лондона опубликовал в журнале Infection, Genetics and Evolution исследование, в котором содержится сравнение более 7000 генетических последовательностей нового коронавируса, собранных по всему миру.
Мутации представляют собой ошибки, которые происходят случайно, когда вирусы копируют свой геном. Они случаются более или менее часто в зависимости от организмов. COVID-19 имеет довольно стандартную частоту мутаций для РНК-содержащих вирусов, например, ниже, чем у ВИЧ или гриппа. Со времени появления этой болезни у человека, в вирусе накопилось мало изменений. Мы сравнили вирусы, собранные на ранних стадиях пандемии, с другими, более поздними. Вирус, собранный сегодня, находится, в среднем, на расстоянии около десяти мутаций от общего предка, то есть вируса, который первоначально попал в человеческую популяцию из резервуарного животного. Это говорит в пользу гипотезы относительно недавнего общего предка, указывает Франсуа Баллу в интервью Le Temps.
Чем больше мы продвигаемся во времени, тем больше вирусов накапливают мутации по сравнению с генетической последовательностью их общего предка. Когда мы узнаем, насколько часто происходят эти мутации, мы можем вернуться назад и рассчитать, за какое время они появились. Таким образом, филогенетическое древо вируса постепенно восстанавливается, причем общий предок на уровне корней и все его потомки размещаются на ветвях, длина которых пропорциональна количеству накопленных ими мутаций. Используя эту технику, мы вычислили дату перехода вируса от животных к человеку, это произошло примерно в октябре или ноябре 2019 года, что соответствует и другим оценкам. Это также согласуется с датой первого случая заболевания человека, выявленного 17 ноября в Китае. С другой стороны, наше исследование лишает законной силы определенные спекуляции, согласно которым новый коронавирус циркулировал намного раньше, не будучи обнаруженным, поясняет эксперт.
Нет сомнений, что новый коронавирус пришел из Китая. Все ранние образцы COVID-19 являются китайскими. Генетические исследования ясно показывают, что вирусы, собранные в других частях света, происходят от этих первых вирусов из Китая, продолжает ученый.
В большинстве стран, по которым у нас достаточно данных, в частности, в Соединенных Штатах, Великобритании и Исландии, мы обнаруживаем, что генетическое разнообразие вирусов повторяет их разнообразие на глобальном уровне. В то время как в Китае присутствует только часть этого глобального разнообразия. Такие наблюдения позволяют предположить, что каждая локальная эпидемия была вызвана большим количеством независимых случаев заражения вирусом, вероятно, в самом начале пандемии, через несколько недель после ее начала в Китае. При подобных обстоятельствах неудивительно, что французский пациент заразился Covid-19 уже в декабре, как недавно было обнаружено врачом, который повторно проанализировал образцы от одного из своих бывших пациентов. По нашей оценке, в одной только Исландии было зарегистрировано от 50 до 60 различных проникновений нового коронавируса, следовательно, существует множество «нулевых пациентов», и нет смысла искать виновных, считает Франсуа Баллу.
